شورای انضباطي دانشجويان تنها مرجع دانشگاه است كه صلاحيت رسيدگي به تخلفات دانشجويان را دارا است. مبناي ساختار و نحوۀ رسيدگي و نيز مبناي آراي اين شورا ، آیین‌نامۀ مصوب شوراي عالي انقلاب فرهنگي و شيوه نامه اي است كه به تصويب وزراي «علوم، تحقيقات و فناوری» و «بهداشت و درمان و آموزش پزشكي» رسيده است. شورای انضباطي دانشگاه شامل بخش دبيرخانه و امور ادرای، شورای بدوي و شورای تجدیدنظر است. شورای بدوی متشکل از معاون دانشجویی، معاون دفتر نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری در دانشگاه، یک عضو هیأت علمی، دو عضو دانشجو و دبیر شورای بدوی انضباطی است. اعضای شورای تجدیدنظر: رییس دانشگاه، مسؤول دفتر نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری در دانشگاه، دو عضو هیأت علمی، یک عضو دانشجو و معاون دانشجویی (به‌عنوان دبیر شورای تجدیدنظر انضباطی) هستند.
شوراهای انضباطي از نظر اداري، در حوزۀ معاونت دانشجويي قرارمي گيرند؛ اما از نظر بررسي پرونده ها، برخورد با تخلفات و صدور آرا كاملاً مستقل هستند و غير وابسته به سيستم اداري دانشگاه عمل مي كنند.